地貌的改變、自然的災害、人類無知的砍伐和破壞，民族與宗教間之爭戰等，都對世界遺產造成極大的威脅。人為的破壞如大型的建造工程、城市或旅遊業的迅速發 展、土地使用不當等，都可能造成遺產地永久性的損毀甚至消失。為了積極保護這些珍貴的財富，世界遺產委員會特別設立了《瀕危世界遺產名錄》，凡遺產地受到 嚴重威脅，便可即時被列入名錄之內。

對於被列入《瀕危世界遺產名錄》的項目，委員會需與有關會員國磋商，共同通過及展開一個救援方案，並持續監測項目的 進度，務求盡快恢復該地的原有價值及面貌，從名錄中除名。目前名錄中共有34處瀕危的世界遺產，其中包括：耶路撒冷舊街區與城牆因民族紛爭問題於1982 年被列入名錄；印度馬納斯野生動物保護區因違法捕獵問題嚴重而於1992年被列入名錄；葉門宰比德歷史古城因都市化及混擬土建築物增加亦於2000年被列 入當中。

從以上例子，不難發現世界遺產時時刻刻總面臨著許多無形的危機，幸而中國在有限的資源下仍作出種種努力，如在敦煌莫高窟植林以抵擋風沙侵害，對稀有動植物進行研究和立法保護等，務求使世界遺產不僅造福當代，更可流傳後世。